Od 1940 w domu była siedziba Gestapo. W piwnicach od ul. Żeromskiego mieścił się od początku 1940 areszt śledczy tzw. "bunkry zamojskie".
Częste były wypadki śmierci więzionych wskutek tortur. Masowo wysyłano stąd na śmierć. Z okna na II p. wyskoczył komendant obwodu AK kpt. Wacław Stasiewicz "Bartosz", aresztowany przez Gestapo dnia 13 września 1943 r.
Na cmentarzu pochowano 50 ofiar gestapowskiej katowni.
Po wejściu Sowietów do Zamościa budynek został zajęty przez NKWD, a od 10 stycznia 1945 mieścił się w nim Powiatowy Urząd Bezpieczeństwa Publicznego.
Areszt składał się z 9 cel. Najmniejsza celą była ulokowana pod schodami do piwnicy (cela numer 1), z największa – cela numer 5 (na końcu korytarza), znajdowała się też cela dla kobiet. W niższej kondygnacji, gdzie zachowały się piwnice z XVII wieku, były jeszcze 2 kolejne cele (te były najgorsze: zalane częściowo wodą, pełne gryzoni).
Trudno dziś wyobrazić sobie okrutny swąd panujący w ciasnych celach, gdzie na przestrzeni paru metrów przetrzymywano czasem około 30 osób. Smród, szczury, wiadro na nieczystości i okienko na zewnątrz, przez które czasem udało się przechodniom wrzucić coś do jedzenia – to codzienność, jaką zapamiętali dawni więźniowie.
Pierwszymi szefami PUBP w Zamościu byli:
- por. Józef Kowalski, następnie od początku 1945 do 1946
- ppor. Mikołaj Lachowski (ur. 19 kwietnia 1925 w Krzemieńczuku) Od maja 1943 żołnierz 1. Dywizji Piechoty im. Tadeusza Kościuszki; uczestnik bitwy pod Lenino. Od 22 sierpnia 1944 w UB, funkcjonariusz WUBP w Lublinie. Od 18 grudnia 1944 zastępca szefa, a następnie szef PUBP w Zamościu, później naczelnik Wydziału III WUBP w Lublinie, a następnie zastępca dyrektora Departamentu IV MBP. Zwolniony 1 czerwca 1954, wyjechał do ZSRR.
Jako funkcjonariusz UB wyróżniał się gorliwością i okrucieństwem; 3 lutego 1945 w Zarzeczu na Zamojszczyźnie zastrzelił trzech żołnierzy BCh zatrzymanych na przyjęciu weselnym. 28 lutego dowodził akcją PUBP, w czasie której zabito 5 i aresztowano 6 żołnierzy BCh; Lachowski został wówczas lekko ranny. 18 kwietnia kierował wspólną polsko-sowiecką akcją przeciwko żołnierzom AK w Łabuńkach pod Zamościem; zabito wówczas 9 osób.
Przez areszt zamojskiej "bezpieki" przeszło ponad 2,3 tys. osób.
Do aresztu trafiali nie tylko Polacy, w 1947 r. przywieziono członków UPA z południowego Roztocza. Po próbie ucieczki wszyscy zostali zgładzeni najprawdopodobniej w lasach na południe od Zamościa.
Na ścianach i drzwiach zachowało się kilkadziesiąt napisów z 1945-54 wyryte przez przetrzymywanych, głównie nazwisk, ale także fragmentów modlitw, sentencji, kalendarzy, a nawet swoisty "Podział zajęć dziennych":
1. Pobudka
2. Posiedzenie na kiblu
3. Spacer z kiblem przed sobą i mycie się
4. Picie kawy
5. Zdychanie za papierosem