Milanowski cmentarz parafialny powstał w 1939 r., lecz urzędowe starania o jego założenie, podjęte już w 1928 r., po erygowaniu parafii w Milanówku, doprowadziły do zakupu działek na ten cel w 1929 r. od rodziny Paćków, stąd przez wiele lat funkcjonowała potoczna nazwa tego terenu - "Paćkowe górki".
Przedtem zmarłych milanowian chowano głównie na cmentarzach w Żukowie, Brwinowie, Grodzisku i w Warszawie.
Mimo notarialnego nabycia gruntów pod cmentarz oraz dopełnienia wszelkich formalności prawnych, cmentarz nie mógł być urządzony z powodu sprzeciwu właścicieli sąsiednich działek i ówczesnych przepisów o odległości budynków mieszkalnych od cmentarza grzebalnego.
Wybuch wojny przyspieszył jednak decyzję, bo już 9 września 1939 r. pochowani zostali polegli żołnierze Kampanii Wrześniowej oraz mieszkańcy Milanówka - cywilne ofiary nalotów.
Formalne poświęcenie cmentarza nastąpiło 23 października 1939 r. Akt poświęcenia podpisali: ks. proboszcz Walenty Zasada, ks. Jan Trompeteler, ks. Józef Kołodziejski, Maria Findeisen, Eugenia Kaczyńska, Zofia Kopciowa, Jan Tustanowski i Stefan Trompeteler. Powierzchnia działek wchodzących w skład pierwszego obrębu cmentarza wynosiła 21 030 m2.

Felicja Witkowska z córką Anielą na tle bramy cmentarza, 1943 r. Fot. R. Witkowski
W 1944 r. dokupiono działki pozwalające na przedłużenie ul. Podgórnej, co umożliwiło swobodny dojazd do bramy głównej.
W okresie wojennym cmentarz został ogrodzony.
W latach 1944-1945, w specjalnie wydzielonej kwaterze chowano osoby zmarłe w wyniku wycieńczenia i ran w szpitalach ewakuowanych z Warszawy do Milanówka, wśród nich uczestników Powstania Warszawskiego.
W 1946 r. ks. abp Antoni Szlagowski wydał dekret o przyłączeniu gruntów cmentarza do parafii Milanówek, które wcześniej należały administracyjnie do parafii Żuków.
Teren cmentarza był jeszcze kilkakrotnie powiększany na drodze zakupu przylegających gruntów – w 1952 r., 1994 r., 2000 r. i 2006 r.
Najstarsza część cmentarza jest podzielona na 30 kwater. Od bramy prowadzi Aleja Główna, w której groby usytuowane są prostopadle do osi alei, ale należą do poszczególnych kwater. Kwatery na lewo od Alei Głównej posiadają numerację nieparzystą, na prawo – parzystą. Każda kwatera obejmuje kilka rzędów grobów (przeważnie 5). Ich numery wzrastają w miarę oddalania się od bramy głównej. Numery grobów w rzędach zaczynają się od Alei Głównej.

Fragment z Planu informatora najstarszej części cmentarza parafialnego w Milanówku, TMM