Harcerstwo konspiracyjne dzieliło się na dwa oddzielne piony: Organizację Harcerzy i Organizację Harcerek.
Konspiracyjna Organizacja Harcerzy została powołana 27 września 1939 w Warszawie przez grono członków Naczelnej Rady Harcerskiej w mieszkaniu Stanisława Borowieckiego, Szefa Głównej Kwatery Męskiej, przy ul. Noakowskiego 12.
Przez cały okres swej działalności Szare Szeregi współpracowały z Delegaturą Rządu Rzeczypospolitej Polskiej na Kraj oraz Komendą Główną AK. Rozkaz Komendanta Głównego AK Nr 129 z 16 marca 1942 r. ustalił, że: "... członkowie Szarych Szeregów, którzy wejdą do zespołów konspiracyjnych, będą uważani bez względu na wiek za żołnierzy." Szare Szeregi były organizacją współdziałającą z AK, ale nie podporządkowaną. Był to w czasie wojny jedyny taki przypadek, Szare Szeregi zachowały swą pełną suwerenność.
Od jesieni 1938 r. w Polsce działało Pogotowie Wojenne Harcerek, które w przypadku wybuchu wojny miało zastąpić struktury ZHP.
Organizacja Harcerek przyjęła kryptonim "Związek Koniczyn" (od 1943 "Bądź Gotów") - komendantką przez całą okupację była hm. Józefina Łapińska. Organizacja Harcerek współpracowała z jawnie działającymi organizacjami społecznymi, takimi jak: Polski Czerwony Krzyż czy Rada Główna Opiekuńcza. Oprócz przygotowania do służby wojskowej (przeszkolenie do służby sanitarnej i łącznościowej) pamiętano o pracy wychowawczej.
Kryptonim "Szare Szeregi" został zapoczątkowany w Wielkopolsce, później rozciągnięty na całą Organizację Harcerzy, a z czasem przyjęty przez całe harcerstwo konspiracyjne.
Przy Kwaterze Głównej Szarych Szeregów działała od 1940 r. żeńska Grupa Wykonawcza Łączniczek i Kolporterek podległa Mirosławowi Cieplakowi „Giewontowi”; była to ok. 50 – osobowa grupa harcerek (w 1944), powstała z kręgu starszoharcerskiego przy 54 Warszawskiej Drużynie Harcerskiej, a następnie z utworzonej 54 Żeńskiej Drużyny Harcerskiej im. Władysława Jagiełły. Jej drużynową przez cały czas okupacji była Romana Łukaszewska „Ewa”. Głównym zadaniem tego zespołu był kolportaż prasy konspiracyjnej Szarych Szeregów.
W Powstaniu Warszawskim harcerki uczestniczyły głównie jako sanitariuszki i łączniczki, przydzielane bezpośrednio do oddziałów. Włączano je do obsługi poczty powstańczej, kolportażu prasy Szarych Szeregów i opieki nad dziećmi. Organizowały też służbę sanitarną w schronach, a poza Warszawą pomagały uchodźcom.

Organizacja harcerzy opierała się na strukturze przedwojennego ZHP, posługiwano się kryptonimami:

• Główna Kwatera – pasieka
• chorągwie – ule
• hufce – roje
• drużyny – rodziny
• zastępy – pszczoły.

Na czele organizacji harcerzy stał Naczelnik z Główną Kwaterą Pasieką. Naczelnicy Szarych Szeregów:

1. Florian Marciniak (27 września 1939 – 6 maja 1943)
2. Stanisław Broniewski (12 maja 1943 – 3 października 1944)
3. Leon Marszałek (3 października 1944 – 18 stycznia 1945)

Główna Kwatera kierowała w okresie najpełniejszego rozwoju pracą 20 chorągwi harcerskich.
Pięć chorągwi obejmowało tereny zachodnie włączone do Rzeszy: Pomorska, Wielkopolska, Łódzka Zagłębiowska, Śląska. Jedna chorągiew skupiała przebywających na terenie Generalnego Gubernatorstwa harcerzy z terenów zachodnich (ul „Chrobry”). Całością prac tych 6 chorągwi kierował Wydział Zachodni („Z”) Głównej Kwatery.
Wydział Wschodni („W”) kierował pracą 5 chorągwi na terenach wschodnich: Białostocką, Wileńską, Poleską, Nowogródzką, Wołyńską oraz 1 chorągwią skupiającą przebywających na terenie Generalnego Gubernatorstwa harcerzy z ziem wschodnich (ul „Złoty”).
Na terenie Generalnego Gubernatorstwa pracowało 8 chorągwi: 4 z nich stanowiły Polskę Centralną („C”): Warszawska, Mazowiecka, Radomska, Lubelska.
Cztery chorągwie stanowiły Polskę południową („P”): Kielecka, Częstochowska, Krakowska, Lwowska.
Łączność z chorągwiami oraz nadzór nad ich pracą sprawowali wizytatorzy podlegli bezpośrednio lub przez wydział zachodni i wschodni Szefowi Głównej Kwatery. Szefowie GK: Eugeniusz Stasiecki, Edward Zürn, Kazimierz Grenda.

Stan liczebny organizacji harcerzy, zmieniający się w poszczególnych okresach, na dzień 1 maja 1944 wynosił 8359 członków. Organizacja Harcerzy obejmowała (ze względów konspiracyjnych) początkowo jedynie młodzież powyżej 17 lat. Z czasem z powodu naporu młodych i konieczności zajęcia się nimi, rozpiętość wieku zwiększono. Z punktu widzenia programowego i metodycznego podzielono wówczas (najwcześniej w Warszawie – 3 listopada 1942) młodzież na 3 grupy:

• Zawiszacy – 12-14 lat. Drużyny „Zawiszy” nie brały w zasadzie udziału w walce bieżącej. Natomiast przygotowywały się do pełnienia służby pomocniczej, a nauką na tajnych kompletach – do odbudowy Polski po wojnie. Spośród służb pomocniczych, pełnionych w okresie „przełomu”, najbardziej znana jest zorganizowana w czasie powstania warszawskiego Harcerska Poczta Polowa.
• Bojowe Szkoły (BS) – 15-17 lat. Drużyny „BS” pełniły służbę w małym sabotażu, będącym akcją propagandową skierowaną do ludności polskiej (w Warszawie w ramach organizacji „Wawer-Palmiry”). Akcja obejmowała pisanie na murach, rozlepianie afiszy i nalepek, rozdawanie ulotek, kolportaż fikcyjnych dodatków nadzwyczajnych do gazet, podłączanie się do niemieckich megafonów, zrywanie niemieckich flag, usuwanie z wystaw i gablot niemieckich fotografii, gazowanie kin. Wykonywana przez drużyny BS akcja „N” była destrukcyjną akcją propagandową, skierowaną do Niemców, polegającą głównie na podrzucaniu dywersyjnych ulotek i gazetek. Drużyny BS uczestniczyły w akcji „WISS” („Wywiad – Informacja Szarych Szeregów”), polegającej na obserwacji niemieckich wojsk i ich ruchów. W ramach przygotowań do „przełomu” drużyny BS przechodziły przeszkolenie wojskowe, otrzymywały przydziały do jednostek AK (np. jako poczty dowódców, oddziały łączności i oddziały rozpoznawcze). Do okresu odbudowy przygotowywali się chłopcy z BS, podobnie jak z „Zawiszy”, ucząc się. W Powstaniu Warszawskim walczyli w Śródmieściu jako kompania, a w innych dzielnicach jako plutony piechoty.
• Grupy Szturmowe (GS) – powyżej 18 lat. Drużyny „GS”, podporządkowane „Kedywowi” (Kierownictwu Dywersji) AK, pełniły służbę w „wielkiej dywersji”.
  W Warszawie w sierpniu 1943 utworzono z nich batalion „Zośka”, którego trzecią kompanię wydzielono do zadań specjalnych („Agat”, później „Pegaz”). Wiosną 1944 powstał z niej batalion Parasol. Oddziały GS wykonały wiele akcji bojowych, w tym wysadzanie mostów kolejowych, pociągów, odbijanie więźniów, zamachy na funkcjonariuszy aparatu terroru. Inne oddziały GS (np. Chorągwi Radomskiej i Krakowskiej) walczyły w oddziałach partyzanckich oraz prowadziły sabotaż kolejowy. Do „przełomu” oddziały GS przygotowywały się przez szkolenie w szkołach podchorążych (m.in. prowadzona przez Szare Szeregi Szkoła Podchorążych Rezerwy Piechoty „Agricola”) i szkolenie na kursach niższych dowódców (motorowe i saperskie). Do okresu odbudowy powojennej drużyny GS przygotowywały się kończąc naukę szkolną, podejmując tajne studia wyższe oraz samokształcenie (w tym tematykę tzw. ziem postulowanych). W okresie „przełomu” wiele oddziałów GS brało udział w walkach oddziałów AK, w tym w marszu na pomoc Warszawie. W Powstaniu Warszawskim bataliony „Zośka” i „Parasol” walczyły na Woli, Starówce i Czerniakowie, ponosząc straty sięgające 80%. Kompania „Rudy” batalionu „Zośka” została nazwana przez Komendanta Głównego AK najlepszą kompanią Armii Krajowej. Batalion „Wigry” walczył na Woli i Starówce.

Członków organizacji obowiązywało przedwojenne Prawo i Przyrzeczenie harcerskie. Przyrzeczenie uzupełniono dodatkową rotą konspiracyjną:
Ślubuję na Twoje ręce pełnić służbę w Szarych Szeregach, tajemnic organizacyjnych dochować, do rozkazów służbowych się stosować, nie cofnąć się przed ofiarą życia.
Podstawową zasadą programu było wychowanie przez walkę. Program został sprecyzowany w koncepcji Dziś, jutro, pojutrze:

• „Dziś” oznaczało okres konspiracji i przygotowanie do powstania
• „Jutro” – otwartą walkę zbrojną z okupantem, powstanie
• „Pojutrze” – pracę w wolnej Polsce

Organizacja harcerzy prowadziła ponadto akcję „M”, usiłując oddziaływać na całą młodzież niezorganizowaną. Wydawała wiele pism, w tym pisma Głównej Kwatery: „Źródło”, później „Dęby”, „Drogowskaz”, „Pismo Młodych”, „Brzask”, wydawała liczne broszury i książki, m.in. „O powołaniu naszego pokolenia”, „Wielka gra”, „Przodownik” i „Kamienie na szaniec”. Wyszkoliła ok. 300 instruktorów.
Oddział specjalny – III Kompania Wydzielona (nazwy: „Agat” – „Pegaz” – „Parasol”). Zadaniem oddziału było likwidowanie szczególnie szkodliwych hitlerowców – głównie funkcjonariuszy SS lub innych wysokich oficerów niemieckich.
Organizacja harcerzy poniosła bardzo duże straty, m.in. 20 lutego 1944 zginął prawdopodobnie w obozie Gross-Rosen twórca i pierwszy Naczelnik Florian Marciniak (aresztowany 6 maja 1943), w Powstaniu Warszawskim poległ zastępca Naczelnika Eugeniusz Stasiecki. Szare Szeregi zostały rozwiązane 17 stycznia 1945.

• Akcja Wieniec (I i II) – wysadzanie pociągów.
• Meksyk II – 26 marca 1943 – Akcja pod Arsenałem – odbicie 21 więźniów z niemieckiego konwoju policyjnego, w tym Jana Bytnara „Rudego”, który zmarł po trzech dniach od ran, jakie hitlerowcy zadali mu podczas przesłuchań. Po akcji zmarli również: „Alek” – Aleksy Dawidowski i „Buzdygan” – Tadeusz Krzyżewicz. Dowódcą akcji był Stanisław Broniewski „Orsza”, a jego zastępcą Tadeusz Zawadzki „Zośka”.
• Meksyk IV – odbicie Floriana Marciniaka (akcja odwołana).
• Celestynów – 20 maja 1943 odbicie transportu więźniów do Oświęcimia.
• Akcja Kutschera – 1 lutego 1944 – zamach (udany) na komendanta warszawskiej policji i SS Franza Kutscherę. Niemcy wstrzymali egzekucje dokonywane wcześniej publicznie na ulicach miasta.
• Akcja Koppe – nieudany zamach na szefa policji niemieckiej w Generalnym Gubernatorstwie.
• „Taśma” – Sieczychy – 20 sierpnia 1943 – likwidacja strażnic granicznych. Podczas tej akcji zginął Tadeusz Zawadzki „Zośka”.
• „N” – akcja propagandowa wśród Niemców osłabiająca ich ducha walki.
• „M” – akcja Młodzież.

Florian Marciniak
Naczelnik Szarych Szeregów (27 września 1939 – 6 maja 1943)


Stanisław Broniewski
Naczelnik Szarych Szeregów (12 maja 1943 – 3 października 1944)


Leon Marszałek
Naczelnik Szarych Szeregów (3 października 1944 – 18 stycznia 1945)


Józefina Łapińska
Komendantka Pogotowia Harcerek


Mały sabotaż
Kotwica – Znak Polski Walczącej namalowany przez Jana Bytnara
na cokole Pomnika Lotnika na placu Unii Lubelskiej w Warszawie


Zawiszacy z Harcerskiej Poczty Polowej
Powstanie warszawskie 1944 r.


Listonoszki Harcerskiej Poczty Polowej


Groby członków Szarych Szeregów
w kwaterze Harcerskiego Batalionu Armii Krajowej „Zośka” (A–20)
na warszawskim Cmentarzu Wojskowym na Powązkach


Kwatera Batalionu „Zośka”
w Święto Zmarłych (2011)

1. https://pl.wikipedia.org/wiki/Szare_Szeregi
2. http://www.muzeum-ak.pl/szareszeregi/stowarzyszenie.php
3. http://skierniewice.naszemiasto.pl/artykul/jubileuszowy-zlot-stowarzyszenia-szarych-szeregow-w,4681767,gal,t,id,tm.html

W dniach 2-4 listopada 1990 r. odbył się w Wesołej koło Warszawy zjazd założycielski, który powołał Stowarzyszenie Szarych Szeregów, zatwierdził Statut i wybrał władze Stowarzyszenia.
Pierwszym przewodniczącym Zarządu Głównego został Hm Stanisław Broniewski ps. "Orsza" legendarny D-ca "Akcji pod Arsenałem" i Komendant "Pasieki", Sekretarzem Kazimierz Szymański ps. "Mściciel" a Kapelanem Ks. Stefan Wysocki ps. "Ignac".
Podczas 50-lecia Szarych Szeregów, odbyły się centralne uroczystości w Warszawie w dniach 16-17 września 1989. Podczas obchodów odbył się zlot gwiaździsty zastępów harcerskich z całej Polski, obchody z udziałem dawnych członków Szarych Szeregów i żołnierzy AK, organizacji kombatanckich z kraju i zagranicy. Podniosłym wydarzeniem obchodów było wręczenie Krzyża Virtuti Militari Szarym Szeregom, przyznanego Zarządzeniem z dnia 19 marca 1989 roku przez Prezydenta RP na Uchodźstwie Kazimierza Sabata za „wybitne czyny męstwa i odwagi okazane w czasie działań bojowych Armii Krajowej na obszarze Rzeczypospolitej Polskiej w okresie walk 1939–1945 r.”.
W czerwcu 2018 roku po raz 25. w Skierniewicach spotkali się dawni harcerze - członkowie Szarych Szeregów w okresie II wojny światowej. Spotkanie było okazją do wspomnień - także o tych, którzy już odeszli, uczczenia pamięci bohaterów i lekcją historii dla skierniewickiej młodzieży.
Obecnie funkcję przewodniczącego Zarządu Głównego Stowarzyszenie pełni prof. dr hab. Wojciech Wolski