W latach 1920–1927 uczył się w szkole powszechnej w Kułaczkowcach. W latach 1927–1934 pobierał nauki w prywatnym gimnazjum OO. Franciszkanów we Lwowie. Po piątej klasie zrobił przerwę w celu odbycia rocznego nowicjatu, po ukończeniu którego złożył profesję w zakonie franciszkanów. W 1934 zdał egzamin dojrzałości w X Państwowym Gimnazjum im. Henryka Sienkiewicza we Lwowie.
Następnie podjął studia filozoficzno-teologiczne w seminarium OO. Franciszkanów: przez pierwszy rok (1934–1935) studiował we Lwowie, przez dwa następne lata (1935–1937) w Krakowie. W latach 1937–1939 kontynuował studia na Wydziale Teologicznym Uniwersytetu Jana Kazimierza we Lwowie. 8 czerwca 1939 obronił pracę magisterską Nauka św. Bonawentury o żalu za grzechy, pisaną pod kierunkiem ks. dr prof. Adama Gerstmanna.
Święcenia kapłańskie otrzymał 29 czerwca 1939 r. od arcybiskupa Bolesława Twardowskiego.
Szkołę powszechną ukończył w Gwoźdźcu, miejscowości z której pochodził Jerzy Kawalerowicz, młodszy od o. Rafała o 10 lat. Później uczęszczał do prywatnego gimnazjum oo. franciszkanów we Lwowie. Dwa lata spędził w seminarium w Krakowie, po czym wrócił do Lwowa, gdzie w 1930 r. wstąpił do zakonu franciszkanów konwentualnych. Studiował teologię na Uniwersytecie Jana Kazimierza. Święcenia kapłańskie otrzymał 29 czerwca 1939 r.

W latach 1940–1941 pracował w parafii Chrystusa Króla we Lwowie, a przez trzy lata jako wychowawca i wykładowca w Seminarium Duchownym we Lwowie.
Już w październiku 1939 roku wstąpił do Związku Walki Zbrojnej (ZWZ), był łącznikiem i kapelanem nosząc pseudonim Dziunio.
24 czerwca 1941 r. został aresztowany przez milicję sowiecką i osadzony w więzieniu „Brygidki”. 29 czerwca zbiegł z więzienia wraz z prof. Romanem Renckim, unikając egzekucji podczas akcji wymordowania przez NKWD więźniów politycznych.
W lwowskiej AK wykonywał, w stopniu kapitana czasu wojny, najrozmaitsze odpowiedzialne funkcje, był kierownikiem wydziału informacji inspektoratu Lwów-miasto, a od 1944 r. – inspektoratu AK obszaru lwowskiego. Powierzono mu także funkcję skarbnika-kasjera inspektoratu Lwów-miasto. Siatkę informatorów i kurierów ukształtował głównie z harcerzy i harcerek lwowskich. O. Rafał Kiernicki był również kuratorem lwowskiej podziemnej organizacji katolickiej młodzieży studenckiej „Juventus Christiana”. Aktywnie uczestniczył w walkach ulicznych o wyzwolenie Lwowa spod okupacji niemieckiej w dniach 21-27 lipca 1944 roku.
W lipcu 1944 roku zdążył ostrzec poszczególnych członków dowództwa lwowskiej AK, przyczyniając się m.in. do uniknięcia aresztowania przez „Smiersz” 40 osób, które zdążyły uciec i nie przybyć na spotkanie z marszałkiem Koniewem. Na spotkanie 31 lipca 1944 r. udało się jedynie 20 oficerów, w tym szef łączności o. Kiernicki, pojechali podstawionymi przez Sowietów samochodami. Tam zostali rozbrojeni i aresztowani przez radziecki kontrwywiad. Po aresztowaniu pierwotnie zostali przewiezieni do więzienia NKWD w Kijowie.
Ojciec Kiernicki po przeprowadzeniu śledztwa w lutym 1945 r. został wywieziony do łagru w Charkowie. Następnie przebywał w obozie dla oficerów polskich w Riazaniu,
Ze względu na nieludzkie warunki bytowe zorganizował 29 czerwca 1947 r. bunt w postaci siedmiodniowej głodówki. Owocem buntu była likwidacja obozu, wyjazd niektórych uwięzionych do Polski i rozparcelowanie reszty do innych obozów. O. R. Kiernickiego z oficerami wyższej rangi wysłano do Griazowca, a niższej rangi oficerów do Czerepowca. W marcu 1948 r. obóz w Griazowcu został rozwiązany. Część uwięzionych wyjechała do Polski. O. R. Kiernicki wrócił w kwietniu 1948 r. do Lwowa.

Ksiądz Kiernicki osiadł przy katedrze, gdzie wkrótce został proboszczem. Funkcję tę sprawował pod pilnym okiem władz sowieckich, które zakazały mu wychodzenia z posługą kapłańską poza obręb kościoła. Pomimo zakazu i grożącego mu aresztowania ojciec Rafał przemierzał pieszo, rowerem, samochodem ogromne odległości, docierając do wiernych nie tylko we Lwowie. Opiekował się także częściowo grekokatolikami (grekokatolicyzm został na terenach radzieckiej Ukrainy zdelegalizowany w 1946 r.).
W 1958 r. władze pozbawiły księdza Kiernickiego możliwości wykonywania funkcji kapłańskich. Ojciec Rafał mawiał, że po 10 latach pracy w katedrze Pan Bóg dał mu urlop. Jednak działalność duszpasterską kontynuował w tajemnicy, oficjalnie zatrudniony jako stróż w Parku Stryjskim, potem jako stróż nocny w szpitalu gruźliczym w Hołosku. Spowiadał, odprawiał msze w domu lub w zakrystii kościoła św. Antoniego, odwiedzał wiernych w domach. Na powrót do katedry władze zezwoliły mu dopiero w 1964 r.
Mimo, iż był człowiekiem schorowanym – przeszedł 8 operacji, chorował na serce, nerki, żylaki – jego dzień był bardzo pracowity: 6 rano – konfesjonał; 7.30 – msza św. z krótką homilią; codzienne sprawy kancelaryjne w zakrystii; konfesjonał i udzielanie komunii św. co pół godziny – aż do 12.00; odwiedziny u chorych; pogrzeby na cmentarzach lwowskich; rozmowy i spotkania z ministrantami, osobami świeckimi pomagającymi mu w pracy; 17.00 – konfesjonał; 19.00 – nabożeństwo wieczorne.
Każdego dnia odprawiał trzy msze św., spowiadał, jeździł z posługą duszpasterską do chorych, modlił się za zmarłych. Bywały dni, kiedy o. Rafał spowiadał nawet 200 wiernych, odprawiał trzy msze św. i był na pięciu pogrzebach.
Pracując we Lwowie, stale wyjeżdżał do innych wspólnot katolickich, do miejscowości, gdzie nie było kościołów – począwszy od Żółkwi i Bóbrki, skończywszy na Równem, Tarnopolu i Stanisławowie. Dla przykładu, w latach 1985-1986 był w 33 miejscowościach. Każdego roku odwiedzał 1500-1800 chorych. Działalność tę o. Rafał Kiernicki prowadził „nielegalnie”, w prywatnych mieszkaniach, ponieważ władza sowiecka zabroniła odprawiania mszy św. w innych miejscowościach.
Bywało, że w katedrze kończył pracę przed północą. Zdarzało się także, że odprawiał msze pomimo choroby, gorączki, raz zemdlał podczas odprawiania nabożeństwa i pogotowie zabrało go w ciężkim stanie prosto z kościoła do szpitala, z którego wypisywał się jak najszybciej na własne żądanie, aby wrócić do swoich obowiązków. Nie były w stanie zatrzymać go żadne przeciwności. Kiedyś spiesząc się od chorego do kościoła, chciał skrócić drogę przez zamarznięty staw, ale lód się załamał i o. Rafał wpadł po pas do wody. Nie zważał na to i udał się do kościoła. Kiedy zdrowie nie pozwalało mu siedzieć w konfesjonale, przenosił się do mieszkania organisty przy katedrze i spowiadał na leżąco. Wierni nazywali go Szaleńcem Bożym.
Ksiądz Kiernicki zlecał Stanisławowi Adamskiemu, współtowarzyszowi z łagrów sowieckich, wykonywanie w katedrze prac stolarskich i snycerskich, renowacje obrazów w kościołach rzymsko-katolickich oraz projektowanie przebudowy świątyń i kaplic, dokonywanie adaptacji budynków mieszkalnych do roli miejsc kultu (Bar, Braiłów, Czeczelnik, Kamieniec Podolski, Manikowce, Kiszyniów, Murafa, Czerniowce, Szarogród, Żmerynka i in.).
Ojciec Rafał próbował organizować we Lwowie działalność zakonnych zgromadzeń żeńskich, które również działały „nielegalnie” (np. przy ul. Kwitki-Osnowianenki 12). O. Rafał prowadził także działalność dobroczynną. W latach 50. XX w. organizował we Lwowie pomoc Polakom, którzy powracali z łagrów sowieckich i zesłania, pomagał w przesyłaniu do łagrów paczek żywnościowych i w innych czynnościach. Pomagał też studentom z biednych rodzin (wiadomo o ponad 20 takich przypadkach). Stałą pomocą ogarniał osoby ciężko chore i najuboższych parafian-katolików, nie zważając przy tym na narodowość, Polaków i Ukraińców.
Pod bezpośrednią opieką o. Rafała Kiernickiego od 1950 r. w Katedrze działał męski chór kościelny. Chórzyści zaznawali prześladowań władzy i z czasem chór przestał istnieć. W roku 1971 z inicjatywy ojca Rafała powstał chór mieszany, który śpiewał tylko w Katedrze. Występy w innych miejscowościach i wyjazdy zagraniczne stały się możliwe dopiero w latach 90. XX w. Obecnie chór ma za patrona Sługę Bożego Jana Pawła II. Wieloletnim kierownikiem jest organista katedralny Bronisław Pacan.
O. Rafał Kiernicki stale się opiekował młodzieżą katolicką, ministrantami, szukał wśród nich przyszłych kandydatów do kapłaństwa. 
W latach 1989-1990 o. Rafał aktywnie organizował nowe katolickie wspólnoty religijne i zwracał się do władz z prośbami o przekazanie nieczynnych budowli sakralnych. Do Bożego Narodzenia 1990 roku udało się przywrócić do potrzeb kultu religijnego 42 kościoły, w tym w Drohobyczu, Rudkach, Żółkwi, Jaworowie, Kamionce Buskiej. 
16 stycznia 1991 roku bullą papieską Jana Pawła II został mianowany biskupem pomocniczym w odrodzonej Archidiecezji Lwowskiej.
Ojciec Rafał zmarł 23 listopada 1995. Pochowany został w krypcie kaplicy Chrystusa Ukrzyżowanego Katedry Lwowskiej. W pogrzebie uczestniczyło kilkunastu arcybiskupów i biskupów, ponad 200 kapłanów i rzesza wiernych.
W miejscu pochówku stoi pomnik – gipsowe popiersie, które wykonał lwowski plastyk i rzeźbiarz Aleksander Owerczuk. 

1. Krzyż Partyzancki
2. Złoty Krzyż Zasługi z Mieczami
3. Odznaka „Zasłużony dla kultury polskiej”
4. Złoty medal Opiekuna Miejsc Pamięci Narodowej.

Spotkanie bp. Rafała Kiernickiego z Papieżem Janem Pawłem II w czasie Jego IV Pielgrzymki do Polski. Lubaczów czerwiec 1991 r.

1. https://lwow.info/o-rafal-kiernicki/
2. https://pl.wikipedia.org/wiki/Rafa%C5%82_Kiernicki
3. https://www.kuriergalicyjski.com/historia/postacie/101-k/5826-o-bp-rafal-wladyslaw-kiernicki
4. http://www.rkc.lviv.ua/news_view-POXORON_YEPISKOPA_KERNICKOGO_U_LVOVI-pl
5. http://zeslaniec.pl/64/Kuczynska.pdf
6. https://kuriergalicyjski.com/historia/upamietnienia/6163-ojciec-rafal-wladyslaw-kiernicki-ofm-conv-i-jego-pobyt-w-charkowskim-wiezieniu